Unité de Mycoplasmologie-bactériologie-antibiorésistance (UMBA) du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort

Les activités de l'unité Mycoplasmologie, bactériologie et Antibiorésistance (UMBA) couvrent les mycoplasmoses porcines et aviaires et certaines infections bactériennes du porc, des volailles, ou des poissons d’élevage. L’unité étudie également l'épidémiologie et les mécanismes de la résistance aux antibiotiques des bactéries pathogènes, commensales ou zoonotiques du porc, des volailles et des poissons et de leur environnement. L'unité MBA compte une quinzaine d'agents permanents.

Activités de référence

L'unité est laboratoire national de référence (LNR) pour les mycoplasmoses aviaires.

Elle fait partie également du LNR pour la résistance antimicrobienne en partenariat avec le laboratoire Anses de Fougères.

Activités de surveillance

L’unité MBA participe à la surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes des volailles, du porc et des poissons, dans le cadre du réseau Résapath, en collaboration avec le laboratoire Anses de Lyon.

Elle est également en charge de la surveillance annuelle de l’antibiorésistance de Campylobacter chez les animaux de rente (porcs, veaux, poulets et dindes). Ce plan de surveillance est mis en œuvre en application des décisions d’exécution 2013/652/UE, qui précisent les modalités d’harmonisation de la surveillance au niveau européen.

Pour chaque lot prélevé à l’abattoir par les services vétérinaires, les souches de Campylobacter isolées par les laboratoires agréés sont transmises à l’unité MBA, en charge de la détermination de la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées selon une méthode de micro-dilution en milieu liquide basée sur la norme CLSI Vet01-A4 (CLSI, 2013). Les antibiotiques inclus et les gammes de concentrations testées sont précisés par la décision d’exécution 2020/1729/UE. Les résultats sont publiés dans les journaux de l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) et du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et de la Direction générale de l’alimentation (DGAL).

Activités de recherche

Les activités de recherche de l’unité contribuent à une meilleure connaissance des mycoplasmoses et autres infections d’origine bactérienne chez le porc, le poisson et la volaille ainsi que de la résistance aux antimicrobiens des bactéries pathogènes, ou sentinelles (commensales) du porc, de la volaille, des poissons ou de leur environnement. En particulier, les travaux de l’unité s’inscrivent dans une logique « une seule santé », en contribuant à préciser comment les pratiques d’élevage ou de traitement médicamenteux influencent la santé animale ou les phénomènes d’antibiorésistance au sein des élevages, dans l’environnement et leur impact sur la santé humaine. Les approches de médecine préventives (vaccination) ou alternatives à l’antibiothérapie (phagothérapie, probiotiques) font également l’objet de projets de recherche.

Principaux projets de recherche en cours

Exovirulome (2021-2024)

ASTEROIDE (2024-2025) - projet Anses

Projet transversal Anses sur l’évaluation de l’outil de métagénomique Shotgun pour explorer deux questions scientifiques : l’assignation taxonomique et la recherche de gènes ciblés dans des matrices d’intérêt.

Partenaires : 2 autres unités du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (HQPAP, GVB-Plateforme de séquençage), l’unité UZB de l’Anses du laboratoire de Santé animale de Maisons-Alfort, l’unité de nématologie de l’Anses du laboratoire de la santé des végétaux, l’unité de mycologie de l’Anses du laboratoire de la santé des végétaux et le service formation de l’Anses.

EVASION (2020-2024) - EcoAntibio

Projet, financé par le plan Ecoantibio2, sur l’évaluation de l’impact de l’utilisation d’un autovaccin contre Streptococcus suis sur le statut immunologique et le portage amygdalien des truies et de leur descendance, dans des conditions expérimentales et en élevages commerciaux concernés par la streptococcie. Fin des dernières investigations en 2024.

Partenaires : 2 autres unité ou service du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (EPISABE, SPPAE), INRAE, Oniris, ainsi que des professionnels de la filière porcine.

EXOVIRULOME (2021-2024) - PhD financé par l'Anses, le CD22 et l'agglomération de Saint-Brieuc

Le sécrétome des mycoplasmes animaux : comparaison inter-espèces, rôle dans le pouvoir pathogène et application au diagnostic..

Partenaire : Anses (unité Mycoplasmoses animales, laboratoire de Lyon).

SICONIC (2022-2025) - projet JPI AMR

Projet sur la possible co-sélection de souches d’Enterococcus spp. résistant à la vancomycine et aux macrolides par l’utilisation d’anticoccidiens ionophores en aviculture.

Partenaires : Anses (unité VIPAC, laboratoire de Ploufragan), WR (NL), NVI (NO), UO (NO), SRI (IT), PIWET (PL).

MOPGA (2023-2024) - postdoc financé par campus France

Etude phénotype et génotypique de la sensibilité aux antibiotiques de bactéries aquatiques (Aeromonas spp, Vibrio spp, Enterococcus et entérobactéries) issues de poissons sauvages et d’eau d’un oued tunisien (Oued Hamon)

Partenaires : Anses (Plateforme Maldi-Tof Nancy, Plateforme IdentyPath) ; BfR (Consultant Vibrio laboratory) ; Faculté de Médecine Ibn Al Jazzar (Tunisie).

MyMIC (2023-2024) - projet JPI AMR

Réseau collaboratif financé par l'Initiative de programmation conjointe sur la résistance aux antimicrobiens (Réseaux de diagnostic et de surveillance – JPIAMR). Inventaire des différentes méthodes utilisées par les laboratoires pour l'identification, la culture, la détermination de concentrations minimales inhibitrices (CMI) par animal et espèce de mycoplasmes, et la détection des mécanismes de résistance par des outils moléculaires ou génomiques.

Partenaires : 22 laboratoires de 18 pays travaillant sur le diagnostic des mycoplasmes animaux et leur sensibilité aux antimicrobiens.

Qualif'R (2021-2024) - projet Lit Ouesterel

Projet transfilière concernant la qualification d’outils innovants de prélèvement d’air pour le diagnostic des infections chez les volailles et les porcs.

Partenaires : 5 autres unités ou services du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (EPISABE, VIPAC, VIP, SELEAC, SPPAE) ainsi que des partenaires professionnels des filières impliquées.

Réapol (2022-2025) - projet EcoAntibio

Etat des lieux national des phénotypes de Résistance aux Antibiotiques de la flore commensale et de la flore pathogène des poissons d’élevage

Partenaire : Anses (Unité Episabe, Plateforme Maldi-Tof Nancy), Institut Technique Avicole (Itavi) – Service Aquaculture, Comité Interprofessionnel des Produits d’Aquaculture (Cipa),  vétérinaires aquacoles et laboratoires d’analyses vétérinaires.