Créée en avril 2004, sous la tutelle de VetAgro Sup et de l’Anses, l’unité mixte de recherche (UMR) Mycoplasmoses animales (MYCO) est spécialisée dans l’étude d’un genre bactérien à l’origine de plusieurs maladies animales, les mycoplasmes. Elle est composée de 13 personnes, dont 9 scientifiques permanents, avec en plus un à deux doctorants et un à trois étudiants par an en moyenne.

Les missions de l’UMR MYCO sont la recherche et la formation par la recherche dans le domaine de la mycoplasmologie chez les animaux, avec un savoir-faire historique pour les mycoplasmes des ruminants. À cela s’ajoutent des missions d’expertise et de référence propres à l’Anses, ainsi que des missions d’enseignement propres à VetAgro Sup. Les travaux scientifiques de l’UMR portent sur l’étude de la biodiversité des bactéries du genre Mycoplasma et l’expression clinique des maladies associées.

L’UMR MYCO est intégrée au sein de l’école doctorale E2M2 (Evolution, Ecosystèmes, Microbiologie et Modélisation) de l’Université de Lyon. Elle fait également partie du réseau européen de recherche sur les mycoplasmes (eMyNet) et du consortium européen MyMIC (voir ci-dessous).

Les activités de surveillance

L’UMR pilote le réseau Vigimyc, en charge de la surveillance des mycoplasmoses des ruminants sur le territoire national. Outre ses missions d’épidémiosurveillance, d’épidémiovigilance vis-à-vis de mycoplasmoses exotiques, le réseau apporte une aide au diagnostic et un appui scientifique et technique aux laboratoires d’analyse vétérinaires adhérents. Grâce à cela, le réseau assure l’entretien d’une collection de souches de mycoplasmes sur laquelle s’appuient de nombreux projets de recherche. L’expertise du réseau continue de s’étendre au-delà du périmètre national grâce à un partenariat avec l’ARSIA en Belgique, partenaire adhérent du réseau Vigimyc depuis 2020.

Les activités de recherche

Les projets de recherche de l’UMR MYCO portent essentiellement sur la diversité, l’évolution et l’antibiorésistance des mycoplasmes animaux, ainsi que sur la virulence et l’émergence de ces mycoplasmes.

Les activités de recherche de l’unité sont essentiellement finalisées, visant à établir des liens structurants entre les observations cliniques (évolution des maladies, usages thérapeutiques, incidence économique et épidémiosurveillance) et la caractérisation des agents pathogènes (identification, polymorphisme génétique, antibiorésistance, virulence). Les relations étroites de l’UMR MYCO avec les filières de production, les laboratoires de diagnostic, les praticiens vétérinaires et les organisations professionnelles sanitaires sont garantes d’une recherche au service de la santé animale.

Les projets de recherche plus fondamentaux sont le plus souvent conduits en collaboration avec des partenaires universitaires et des organismes de recherche, notamment à travers le co-encadrement de thèses de doctorat.

Depuis 2020, l’UMR MYCO a acquis des compétences sur différents modèles cellulaires pour étudier la physiopathologie des infections à mycoplasmes. En parallèle, le développement de projets basés sur l’analyse des données issues du séquençage haut débit et de génomique comparative permet d’explorer l’évolution et la diversité des souches. Cette surveillance génomique (détection de souches atypiques, définition de marqueurs d’espèces ou de virulence, suivi de ces marqueurs dans le temps…) permet une caractérisation plus fine des souches collectées au sein du réseau Vigimyc. Plus récemment, des techniques de biologie de synthèse sont venues enrichir les compétences de l’UMR. Ces techniques utilisent la levure Saccharomyces cerevisiae comme plateforme de modification génétique de génomes de mycoplasmes entiers et permettent la création de mutants isogéniques. L’étude de ces derniers, directement intégrée aux thématiques déjà poursuivies au sein de l’UMR, devrait permettre le développement de nouvelles perspectives de recherche et de nouveaux partenariats aussi bien publics que privés.

Projets de recherche phares de ces cinq dernières années et en cours

MyMIC (2023-2025)

Partenaires : 15 pays européens et 3 pays tiers sont engagés dans cette collaboration, soit un total de 50 scientifiques

Financement : ANR

MyMIC est un projet de « networking » européen, financé par l’ANR dans le cadre de l’appel à projet JPI-AMR (Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance). Il vise la construction et l’animation d’un réseau permettant d’échanger sur les bonnes pratiques et l’harmonisation des méthodes de diagnostic et de détermination de la résistance aux antibiotiques des mycoplasmes d’importance vétérinaire.

EXOVIR (2021-2024)

Le sécrétome des mycoplasmes animaux : comparaison inter-espèces, rôle dans le pouvoir pathogène et application au diagnostic

Financement : Anses, agglomération de Saint Brieuc et Conseil Départemental des Côtes d’Armor

Partenaires : unité MBA, du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses

Des travaux antérieurs ont démontré que, malgré leur apparente simplicité, les mycoplasmes possèdent un sécrétome (ensemble des éléments sécrétés à la surface des bactéries ou libérés dans l'environnement) complexe comprenant des polysaccharides capsulaires, des exopolysaccharides, des exoprotéines ainsi que des vésicules extracellulaires. L’ensemble de ces molécules joue très certainement un rôle important dans l’interaction avec l’hôte. Le projet EXOVIR a permis d'étudier la diversité des polysaccharides capsulaires et des nucléases sécrétées par les mycoplasmes infectant les ruminants, le porc et la volaille. Ce projet a permis l’identification de nouveaux polysaccharides et nucléases chez plusieurs espèces de mycoplasmes. Il a également mis en évidence une grande diversité de molécules sécrétées aussi bien au niveau inter-espèce qu’au niveau intra-espèce, qui était jusqu’alors largement sous-estimée.

DIAMS (2023-2025)

Faisabilité d’une détermination au fil du diagnostic de l’antibiorésistance des mycoplasmes des ruminants.

Financement : Direction générale de l’alimentation, dans le cadre du plan EcoAntibio.

Partenaires : Labocea35 (bovins), Aveyron Labo (ovins), Qualyse (caprins).

Les méthodes phénotypiques rapides d’évaluation de l’antibiorésistance (antibiogramme ou E-test) ne sont pas applicables aux mycoplasmes. L’Anses utilise la détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) par dilution en milieu gélosé dans le cadre des activités de surveillance du réseau Vigimyc. Cette technique est fastidieuse, non automatisable et inadaptée à une analyse au fil du diagnostic. Ce projet permet de mettre au point, optimiser et valider les performances et la robustesse de la détermination des CMI par microdilution dans un format compatible avec la routine des laboratoires vétérinaires de diagnostic (LVD).

MYTROUC et MYCARESP (2021-2026)

Évaluation du rôle des mycoplasmes dans les troubles respiratoires et de la reproduction chez les carnivores domestiques.

Financement : VetAgro Sup, ENVT et Société Centrale Canine Agria

Partenaires : Neocare (ENVT), CERREC (VetAgro Sup) et à plus long terme les autres écoles nationales vétérinaires françaises et l’unité de médecine interne du CHUVAC (VetAgro Sup)

Depuis 2020, l’UMR a élargi ses thématiques scientifiques à de nouvelles espèces de mycoplasmes pathogènes chez les animaux. Plusieurs projets complémentaires ont pour objectif la détermination de l’implication des mycoplasmes dans les troubles de la reproduction chez la chienne (échecs de gestation et mortalité chez les chiots) ou dans les troubles respiratoires des carnivores domestiques. Plus particulièrement, ils visent à permettre l’identification des espèces de mycoplasmes présentes ainsi que la corrélation entre la présence/abondance spécifique de certaines espèces et le statut clinique de l’animal. L’échantillonnage est réalisé sur des carnivores domestiques venant en consultation dans les écoles vétérinaires partenaires. Des approches de génomique comparative et de métagénomique ciblée (metabarcoding) sont développées. Le développement d’une PCR multiplex à visée diagnostique est également en cours. À plus long terme, l’analyse de l’antibiorésistance des mycoplasmes isolés dans les deux projets sera réalisée.

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