L’unité conduit des activités de recherche et d’appui à la surveillance dans les domaines de la santé animale, de la santé végétale et de la sécurité de la chaîne alimentaire. Elle est composée d’épidémiologistes, de biostatisticiens, d’informaticiens et d’administrateurs de bases de données, ainsi que d’une secrétaire technique. Des doctorants et des stagiaires de troisième cycle viennent compléter cet effectif.

Activités de surveillance

L’unité assure des missions d’animation et d’appui scientifique et technique à plusieurs dispositifs de surveillance coordonnés par l’Agence :

• Résapath : réseau d'épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales en France ;
• Vigimyc : réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants ;
• Réseau Salmonella : réseau national d'épidémiosurveillance des salmonelles d’origine non humaine sur l'ensemble de la chaîne alimentaire ;
• Resumeq : réseau de surveillance des causes de mortalité des équidés.

L’unité apporte également un appui ponctuel aux missions des laboratoires nationaux de référence dans le domaine de l’épidémiologie et de la surveillance (encéphalopathies spongiformes transmissibles, Xylella fastidiosa, antibiorésistance, etc.). Par ailleurs, l’unité anime un consortium visant à mettre en place un réseau de surveillance de l’antibiorésistance en médecine vétérinaire à l’échelle européenne (EARS-Vet).

L’unité coordonne la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA), en collaboration avec la Direction générale de l’alimentation (DGAL) et l’Inrae (Institut national de recherche pour l’agriculture et l’environnement). Elle anime et contribue à plusieurs groupes de travail de cette plateforme, ainsi que des plateformes de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) et de la plateforme d’épidémiosurveillance en santé végétale (ESV) via son expertise en épidémiologie, en biostatistiques et en informatique (sites web, applicatifs).

Dans le cadre de l’appui au ministère en charge de l’Agriculture et aux instances internationales, l’unité coordonne la rédaction et l’édition du Bulletin Epidémiologique Santé animale - Alimentation porté par la DGAL et l’Anses. Elle traite, analyse et transmet les données nationales de surveillance des zoonoses et de l’antibiorésistance à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa). Enfin, elle appuie les actions de l’Organisation des Nations-Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) et de ses États membres dans le cadre du mandat de l’Anses de Centre de référence FAO pour l’antibiorésistance. Plusieurs scientifiques participent également ponctuellement à des groupes d’experts de l’EFSA.

Activités de recherche

Les activités de recherche de l’unité ont pour finalité d’améliorer les méthodes de surveillance épidémiologique et de mieux comprendre les déterminants de l’état de santé des populations, dans les domaines de la santé animale, de l’antibiorésistance, de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé végétale. Ces activités sont réalisées dans le cadre de programmes de financement nationaux ou européens.

Principaux projets de recherche en cours ou récents

One Health

Antibiorésistance

L’unité mène des projets visant à produire et analyser des indicateurs intersectoriels et territorialisés de surveillance de la résistance et des usages d’antibiotiques, en France et à l’échelle locale (métropole lyonnaise). Ces travaux permettront de comprendre l’émergence et la diffusion de l’antibiorésistance (ABR) d’un point de vue One Health en rapprochant les données sur l’antibiorésistance, l’usage d’antibiotiques et la présence de résidus d’antibiotiques en santé humaine, animale et dans l’environnement. L’étude de la diffusion des bactéries et des gènes dans les différents milieux et la caractérisation du rôle de divers facteurs influençant l’usage des antibiotiques et la diffusion de résistance (épidémies hivernales, facteurs météorologiques, densité de population, accès aux soins, niveaux de vie, etc.) permettront d’adapter les moyens de lutte contre l’antibiorésistance à l’échelle des territoires.

En savoir plus sur les projets :

INTERSECTION (Financement : EcoAntibio2) et COMEDIA (Financement : Shape-Med@Lyon (France 2030, ANR)

L’unité participe également et coordonne la création d’un réseau européen de surveillance de l’antibiorésistance chez les animaux malades (EARS-Vet). Suite au plan d’action « One Health » de l’UE de 2017 contre l’ABR, une nouvelle action conjointe, EU-JAMRAI 2, vise à soutenir les États membres/pays associés dans leurs efforts pour élaborer et mettre à jour leur plan d'action national sur l’ABR.

En savoir plus sur le projet EARS-Vet

Etude de la faisabilité d’une surveillance intégrée d’Escherichia coli

Ce projet vise à évaluer l’apport des méthodes de séquençage haut débit (WGS) dans l’amélioration de la surveillance. Á partir d’une cartographie des systèmes de surveillance des E. coli dans les secteurs de la santé animale, l’environnement, la sécurité sanitaire des aliments et la santé humaine, il s’agira d’identifier les données collectées, notamment les données de séquençage haut débit, et d’évaluer la capacité d’utilisation de ces données pour établir un système de surveillance intégrée. Des pistes méthodologiques pour faciliter l'échange et le traitement harmonisé des données entre les différents domaines de la santé seront proposées.

Outil d’évaluation de la surveillance intégrée

L’outil OH-EpiCap a été développé pour décrire et évaluer la qualité de la surveillance épidémiologique de dangers sanitaires pouvant toucher à la fois l’Homme, les animaux et l’environnement. Cet outil évalue : i) l’organisation du système de surveillance OH, ii) le fonctionnement des collaborations au niveau opérationnel et iii) l’impact de l’approche OH sur la surveillance et la santé. L’évaluation est réalisée lors d’un workshop d’une demi-journée par un panel de représentants des différents secteurs et disciplines impliqués dans la surveillance du danger étudié, en utilisant une application web Shiny dédiée.

En savoir plus sur le projet MATRIX (Financement : EJP One Health)

Surveillance des bactéries pathogènes d’importance vétérinaire et de leurs profils de résistance

Combinant épidémiologie de l’ABR et séquençage, ces études portent sur la persistance, la diversité génomique et la diffusion des bactéries pathogènes d’origine animale et des gènes de résistance aux antibiotiques dans l’environnement (liées à l’épandage d’effluents dans les pâtures).

Phylodynamie

Les études phylogénétiques basées sur des données génomiques sont de plus en plus utilisées pour surveiller la diversité des bactéries résistantes aux antibiotiques. Cependant ces études donnent souvent peu d’informations sur la dynamique épidémique des lignées résistantes. La phylodynamique, qui associe diversité génétique et épidémiologie, émerge comme un outil prometteur pour comprendre ces dynamiques en lien avec les usages d’antibiotiques et l’écologie des bactéries. Des projets de l’unité (financements : Réseau SAARA (Santé animale en région Auvergne Rhône-Alpes) et EcoAntibio3) visent à étudier l’évolution et la dynamique épidémique de lignées d’Escherichia coli et Acinetobacter baumannii, résistantes aux antibiotiques.

Evaluation quantitative du risque

Le projet ENVIRE a pour finalité de réduire la diffusion de l’antibiorésistance dans les élevages de volailles et dans l’environnement, afin de réduire les risques pour l’Homme (financement : JPI-AMR). L’impact de différents types d’interventions en élevage sera évalué : élevage sans antibiotique, vaccination contre E. coli, utilisation de bactériophages et de la phytothérapie comme alternative aux antibiotiques, traitement des effluents d’élevage. Cinq pays européens et la Tunisie participent au projet, qui comportera des études expérimentales et des études sur le terrain. L’unité développera un modèle d’analyse quantitative des risques de contamination de l’Homme via l’alimentation et l’activité professionnelle.

En savoir plus sur le projet ENVIRE

Surveillance syndromique

La surveillance syndromique, qui consiste à suivre des indicateurs non spécifiques pour surveiller les événements sanitaires, est un outil puissant pour la détection précoce de menaces, allant des maladies aux événements climatiques. L’unité conduit des travaux de recherche en surveillance syndromique sur les dangers sanitaires des animaux de rente et de laboratoire, en sécurité sanitaire des aliments et sur la performance des analyses de laboratoire (réactosurveillance).

Le projet OMAR (Observatoire de la mortalité des animaux de rente - bovins) est une illustration de travaux de recherche sur la surveillance syndromique qui ont été menés jusqu’à leur passage à un stade opérationnel. Cet observatoire repose sur la modélisation des données de mortalité bovine à des fins de détection d’anomalies spatiales et/ou temporelles.

Le projet HappyFox, en collaboration avec le Laboratoire de la Rage et de la Faune Sauvage à Nancy, vise à surveiller la santé et le bien-être de renards en captivité avec une approche syndromique basée sur des enregistrements vidéos (qui permettent un suivi en temps-réel en minimisant les contacts directs avec les animaux), des méthodes de machine learning et des modélisations de séries temporelles. Ces travaux permettent d’identifier des changements de comportements associés à une maladie infectieuse (exemple : rage) ou à une modification du bien-être.

Evaluation et amélioration de la surveillance en santé animale, santé végétale et sécurité de la chaîne alimentaire

Santé végétale

L’unité réalise des projets de recherche en santé végétale, en collaboration avec l’unité Bactériologie, virologie, OGM (BVO) du Laboratoire de la santé des végétaux (LSV) d’Angers. A partir des données de la surveillance de Xylella fastidiosa en Corse, PACA et Occitanie, ce projet vise à 1) identifier les périodes optimales de surveillance et étudier l’expression des symptômes pour les principales espèces végétales prélevées selon les modalités de surveillance et 2) identifier des plantes indicatrices à partir d’une analyse de la prévalence réelle (données d’analyses moléculaires) selon différents paramètres environnementaux.

Le projet Aefficians (financement de thèse Anses-INRAE), combinant épidémiologie et modélisation, a pour objectif d’évaluer l’efficacité de stratégies collectives et individuelles anti-sharka (virus affectant les arbres fruitiers à noyau). Il comporte trois axes : (i) analyse du dispositif de surveillance de la Sharka dans un contexte transitoire de responsabilisation des professionnels, (ii) estimation du R0 (nombre de reproduction de base) et du Rt (nombre de reproduction lorsqu’une gestion de la maladie est mise en œuvre), et (iii) évaluation des conséquences d’une gestion individualisée de la maladie et de l’investissement des arboriculteurs à partir d’un modèle stochastique existant (simulations spatialisées de scénarios de comportements).

Santé animale

Dans le domaine de la santé animale, l’unité développe deux outils d’appui aux activités de veille sanitaire internationale de la Plateforme ESA et à l’évaluation des risques pour l’Anses (projet MOOD, financement Horizon 2020), basés sur les données de mouvements d'animaux vivants et de produits/sous-produits d'origine animale enregistrés dans TRACES-NT :

• Outil d’évaluation rapide du risque d’introduction en France d’une maladie émergente dans une région du monde. L’idée est de savoir si un signal est important à considérer pour la France au vu de l’historique des échanges commerciaux entre le pays venant de notifier la maladie et la France.
• Outil de priorisation des couples pays / maladie animale « à risque » pour la France, inspiré de l’outil RRAT (rapid risk assessment tool) aux Pays-Bas, qui prend en compte les données épidémiologiques et commerciales à disposition.

Voir le site internet du projet MOOD

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