L’unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes (AVB) contribue aux politiques nationales et internationales de lutte contre la résistance aux antibiotiques. Elle est composée de neuf personnels permanents, dont trois chercheurs et six ingénieurs ou techniciens. Elle accueille régulièrement des étudiants à différents stades de leur cursus universitaire (master, thèse, post-doctorat).

L'unité participe au renforcement des dispositifs de surveillance (réseaux Résapath et EARS-Vet (European Antimicrobial Resistance Surveillance network in veterinary medicine)). Elle est également impliquée dans les actions stratégiques nationales (rapport Carlet, plans Ecoantibio, feuille de route interministérielle pour la maîtrise de l’antibiorésistance, Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance). Enfin, elle contribue aux activités du Centre de Référence de la FAO sur l’antibiorésistance, mandat international attribué à l’Anses depuis 2020.

Activités de recherche

L’unité contribue à une meilleure compréhension du risque pour l’Homme provenant de l’antibiorésistance des bactéries des animaux et de l’environnement. Elle met en œuvre des approches de microbiologie conventionnelle, moléculaire, génomique et fonctionnelle. Les axes de recherche portent notamment sur les flux de gènes entre l’animal, l’environnement et l’Homme (approche « One Health ») et l’impact de l’exposition aux antibiotiques sur les microbiotes. Dans le cadre de la recherche d’alternatives limitant l’impact des antibiotiques, l’unité s’est aussi engagée dans le champ de la phagothérapie. Elle participe à des programmes européens et internationaux (Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), FAO). Enfin, elle contribue à une approche interdisciplinaire de l’antibiorésistance, incluant l’apport des sciences humaines et sociales.

Principaux projets de recherche en cours

DYASPEO (2021-2027)

Dynamiques de diffusion, persistance et évolution de l'antibiorésistance entre l'Homme, l'animal et leur environnement

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Les stratégies de contrôle de la transmission de l’antibiorésistance de l’animal à l’Homme sont principalement centrées sur la chaine alimentaire. Pour autant, c’est le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) transmis à l’Homme par contact avec le porc - et non par l’alimentation - qui a entrainé la seule crise politique majeure en Europe depuis 20 ans. Dyaspeo fait l’hypothèse que le contact avec un animal de compagnie (un foyer sur deux en France) joue également un rôle, et associe des compétences en médecine humaine, vétérinaire, sciences sociales, génomique, mathématiques, modélisations in vitro/in vivo, pour clarifier cette question.

Seq2Diag (2021-2027)

Séquençage du génome entier et intelligence artificielle pour caractériser et diagnostiquer la résistance aux antibiotiques et la capacité d'échapper au traitement

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Les techniques de séquençage du génome bactérien ont révolutionné notre compréhension de l’antibiorésistance. Seq2Diag vise une preuve de concept de leur utilisation dans les laboratoires de médecine humaine et vétérinaire comme outil de diagnostic in silico de sensibilité aux antibiotiques. Ce projet associe des compétences en microbiologie humaine et animale, génomique, pharmacologie et intelligence artificielle. Ces travaux permettront également de découvrir de nouveaux mécanismes de résistance et d’échappement au traitement.

NAILR (2021-2026)

Nouveaux anti-infectieux à résistance limitée

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Face au déficit de nouveaux agents antimicrobiens, NAILR étudie quatre composés d’une nouvelle famille de peptidomimétiques. Le consortium réunit des microbiologistes, biochimistes, structuralistes, vétérinaires, cliniciens, pharmacologues, écologues et experts du microbiome intestinal pour déterminer le spectre complet de l’activité antimicrobienne de ces composés : bactéricidie, synergie/antagonisme avec les antibiotiques existants, mécanismes d'action, de résistance et cible(s), paramètre pharmacocinétique/pharmacodynamique et efficacité expérimentale, impact sur le microbiote intestinal et le métabolome humain, stabilité dans l'environnement et impact sur les communautés microbiennes.

Fight-AMR (2024-2026)

Nouveaux anti-infectieux à résistance limitée

Financement : ERA-NET JPIAMR-ACTION (DISTOMOS)

Ce projet vise à développer de nouvelles solutions de surveillance alimentées par l'IA afin d'identifier le risque accru d'émergence de l’AMR et la dynamique de sa propagation par la voie alimentaire, sur la base du concept « One Health ». Il sera basé sur une approche triangulaire visant à i) développer une cloud-solution comprenant l'apprentissage auto-adaptatif pour intégrer et exploiter les données publiques provenant de différentes sources (métagénomique, phénotypes, satellite, etc.), différentes échelles (région/milieu/pays, etc.) et différents contextes (humains, animaux, etc.) ; ii) mener une campagne expérimentale de collecte d'échantillons guidée par l'IA; iii) identifier des biomarqueurs contrôlables indiquant un risque accru de maladies infectieuses.

SHINE-Vet (2025-2027)

Hygiène et infections nosocomiales en établissements vétérinaires

Financement : EcoAntibio3 (Plan national 2023-2028)

En médecine vétérinaires, les HAI (Hospital-Acquired Infections, ou infections nosocomiales) recouvrent toutes les infections acquises par un animal lors de son hospitalisation. Les HAI ont des conséquences en santé animale, mais aussi en santé publique avec le risque de diffusion de bactéries multi-résistantes (BMR) sélectionnées au sein des établissements de soins vétérinaires (ESV). L’implication de BMR dans les HAI rend le traitement d’autant plus complexe, entrainant des complications pour l’animal et des risques de persistance environnementale ou de transmission à d’autres animaux dans les ESV touchés. Ce projet a pour but de mieux comprendre les causes et la dynamique des HAI afin de pouvoir les éviter au maximum. Il comportera deux axes, à savoir (i) une étude longitudinale prospective menée dans 6 ESV visant à cartographier la contamination microbiologique, et (ii) la mise en place d’un groupe de travail multidisciplinaire visant à émettre des recommandations pour la prévention et la gestion des HAI. 

COMPASCOPE (2025-2027)

Etude du portage sain de BMR chez les chiens et chats

Financement : EcoAntibio3 (Plan national 2023-2028)

En France, la surveillance actuelle des animaux de compagnie inclut uniquement les bactéries pathogènes (rapport annuel Résapath 2022) puisqu’il n’existe aucun système de surveillance programmée de bactéries résistantes présentes en portage sain chez les animaux qui ne sont pas destinés à la consommation. Ce projet a pour but de faire un premier état des lieux du portage sain de bactéries multi-résistantes (BMR) chez les chiens et les chats de la région Nouvelle-Aquitaine. Les BMR recherchées seront celles ayant un enjeu croisé entre médecine vétérinaire et humaine, à savoir les entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu (BLSE) ou de carbapénémases, ainsi que les staphylocoques à coagulase positive (Staphylococcus aureus ou Staphylococcus pseudintermedius) résistants à la méthicilline (SARM ou SPRM). Les résultats permettront, en fonction de la prévalence observée pour chacun des pathogènes, d’apprécier la pertinence ou non de mettre en place un système régulier de surveillance de l’AMR en portage sain chez les animaux de compagnie, ainsi que de décliner des actions pour empêcher sa propagation.

Retour à la page du laboratoire