Unité Physiopathologie et épidémiologie des maladies équines (PhEED) du laboratoire de santé animale
Chef d’unité : José Carlos Valle-Casuso
L’unité Physiopathologie et épidémiologie des maladies équines (PhEED) est basée en Normandie. Ses compétences sur la santé des chevaux sont reconnues au niveau national, européen et international Les travaux de l’unité PhEED se répartissent en quatre thématiques : l’épidémiologie, qui surveille l’apparition et/ou la diffusion des affections majeures et émergentes et analyse leurs causes ; la bactériologie, dont les thèmes de recherche se concentrent sur les maladies bactériennes de la reproduction (dont la métrite contagieuse équine) et les causes bactériennes de mortalité des équidés ; la virologie, avec en particulier l’étude de l’artérite virale équine, l’anémie infectieuse des équidés et les herpèsviroses équines et la parasitologie, dont les activités portent principalement sur l’étude et la caractérisation des trypanosomoses équines (dourine, surra et nagana) et de leurs agents infectieux (Trypanosoma equiperdum, Trypanosoma evansi et Trypanosoma brucei).
Activités de référence
L’unité est titulaire de cinq mandats de référence nationaux (LNR) sur la métrite contagieuse équine, la dourine, l’artérite virale équine, l’anémie infectieuse des équidés et les herpèsviroses équines.
Elle est également laboratoire de référence pour l’Union européenne sur les maladies équines autre que la peste équine. Ceci inclut les cinq maladies pour lesquelles elle est LNR, ainsi que le surra. Ce mandat est porté conjointement avec l’UMR Virologie du laboratoire de santé animale.
Enfin, l’unité est laboratoire de référence pour l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) sur la dourine et la métrite contagieuse équine.
Activités de surveillance
L’unité PhEED surveille l’apparition et/ou la diffusion des affections majeures et émergentes pour les équidés. Elle analyse leurs causes, notamment grâce au réseau national de surveillance des causes de mortalité des équidés (Résumeq) qu’elle anime, et à des enquêtes épidémiologiques de terrain. L’unité est également impliquée dans la valorisation combinée des données démographiques et sanitaires équines.
Le Résumeq
Le site de Normandie du laboratoire de santé animale de l’Anses anime et coordonne depuis 2015 le Réseau national de surveillance des causes de mortalité des équidés (RESUMEQ). Celui-ci compte désormais 45 acteurs. L’ambition de ce réseau est de rassembler l’ensemble des résultats d’autopsies produits par les écoles vétérinaires, les laboratoires départementaux et les vétérinaires équins en France. L’objectif est d’obtenir une image précise des causes de mortalité des équidés sur l’ensemble du territoire national. À ce jour, plus de 1 400 cas d'autopsie équine sont enregistrés dans la base nationale. Le dispositif de surveillance épidémiologique a déjà permis d'identifier des menaces au niveau local, régional et national et sa couverture géographique s’étend progressivement. Le choix des données collectées et le développement de différents outils de standardisation de ces données ont été des étapes déterminantes dans la construction de ce réseau. L’expérience de l’unité PhEED pour les diagnostics de causes de mortalité des équidés et sa base de données historique (rassemblant des données d’autopsie sur plus de vingt ans) ont notamment permis de classifier finement les causes de mortalité selon plusieurs niveaux et d’aboutir à la création du premier thesaurus spécifique des équidés. Dans un objectif d’ouverture de Resumeq à d’autres pays notamment européens, le premier thesaurus des causes de mortalité des équidés a été traduit et publié en accès libre. L’objectif à terme est d’établir des collaborations internationales dans une perspective d’extension de Resumeq et de la surveillance des causes de mortalité à d’autres pays européens.
Activités de recherche
L’Unité PhEED est spécialisée dans le domaine des pathologies infectieuses et parasitaires de la reproduction du cheval, ainsi que les infections persistantes et/ou émergentes d’importance majeure pour la filière équine. Dans ce cadre, elle étudie et caractérise les agents infectieux et parasitaires du cheval et développe des outils de diagnostic et des moyens de contrôle pour ces maladies.
Parmi les thématiques étudiées à l’unité PhEED on peut citer :
- caractérisation et typage moléculaires des isolats de Taylorella equigenitalis, agent de la métrite contagieuse équine, et Taylorella asinigenitalis en circulation dans les populations équine et asine en France et en Europe ;
- étude de l’écologie de l’agent de la métrite contagieuse équine au sein de la microflore du tractus génital des équidés avec pour objectif de perfectionner les méthodes de détection et de contrôle ;
- étude de la virulence et de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes d’origine équine issues de la souchothèque autopsie et d’enquêtes épidémiologiques ;
- développement de nouveaux outils de diagnostic sérologique et moléculaire pour la dourine et les « trypanosomoses équines » ;
- étude des bases moléculaires impliquées dans les différents modes de transmission des maladies animales dues aux parasites du sous genre Trypanozoon responsables de maladies mortelles chez les animaux domestiques et l’être humain ;
- coordination du réseau national de surveillance des causes de mortalité équine (Resumeq) ;
- structuration de la surveillance épidémiologique de la filière équine au travers du projet de valorisation combinée des données démographiques et sanitaires équines (Valdonequi) ;
- étude de l’évolution de l’antibiorésistance des principales espèces bactériennes responsables d’avortement et de mortinatalité chez les équidés ;
- caractérisation moléculaire (NGS, WGS, etc.) des souches d'anémie infectieuse des équidés et d’artérite virale équine rencontrées en France et en Europe ;
- amélioration des méthodes de diagnostic sérologique et moléculaire pour l'anémie Infectieuse des équidés et l’artérite virale équine ;
- étude des interactions hôte-pathogène afin de mieux comprendre les mécanismes de persistance des virus de l’artérite virale équine et de l’anémie Infectieuse équine chez le cheval ;
- identification de molécules synthétiques et/ou naturelles présentant des propriétés antimicrobiennes afin de développer des traitements ciblés contre les virus et bactéries infectant les équidés comme alternative à l’antibiothérapie.
L’UMT Sabot
L’unité mixte technologique Sabot (Santé et bien-être des équidés – organisation et traçabilité de la filière) a été créée début 2022 pour une durée de cinq ans. Elle associe l’unité PhEED et l’Institut français du cheval et de l’équitation (IFCE). L’objectif est de renforcer leurs activités de recherche communes sur la santé des chevaux. L’activité de l’unité comportera trois axes principaux : le recensement des équidés et le suivi de leur mortalité, les risques associés aux parasites et aux pathogènes présents dans l’environnement des chevaux, et les maladies infectieuses en lien avec la reproduction.
Lire l’actualité sur la création de l’unité Sabot
Les principaux projets de recherche
Partenariats propres à l’unité PhEED
- LABÉO Franck Duncombe
- Institut de recherche et développement (IRD),
- Université de Tours
- Université Claude Bernard Lyon 1
- Inserm
- CNRS
- École nationale supérieure de Lyon
- The Queen's Medical Research Institute, Centre for Inflammation Research, université d’Édimbourg (Royaume-Uni)
- The Roslin Institute, Royal (Dick) School of Veterinary Studies, université d’Édimbourg (Royaume-Uni)
- Université de Glasgow (Royaume-Uni)
- Laboratoire de diagnostic, clinique équine SRL, Buenos Aires, (Argentine)
- Center for Microbes, Development and Health, Unit of Discovery and Molecular Characterization of Pathogens, Institut Pasteur de Shanghai, Académie chinoise des sciences (Chine)
- Albert Einstein College of Medicine, département de virologie, New York (États-Unis)
- Institut Pasteur (Paris)