Il propose au ministère en charge de l'agriculture les méthodes à officialiser et coordonne la révision des protocoles d'analyses. Il s'appuie sur un réseau de 20 laboratoires agréés en charge des analyses de détection de première intention.

Les laboratoires nationaux de référence (LNR)

Bactériologie, virologie et OGM

L’unité de Bactériologie, virologie et détection des OGM détient 5 mandats de laboratoire national de référence (LNR) dans ses trois domaines de compétence. Dans le cadre de ses mandats, elle exerce des missions d’expertise pour l’aide à la décision des autorités, elle développe et valide les méthodes d’analyses officielles et anime un réseau de laboratoires agréés via l’organisation régulière d’essais interlaboratoires d’aptitude. Toujours dans le cadre de ses mandats, elle réalise de nombreuses analyses spécifiques pour les organismes réglementés ou émergents et a développé un service de diagnostic en bactériologie et en virologie, visant à prévenir toute nouvelle émergence.

Les 5 mandats de LNR de l’unité :    

• OGM dans le maïs (parties végétatives), pommes de terre, betteraves, riz, coton, blé et espèces potagères (semences et parties végétatives) ;
• Toutes bactéries exceptées celles couvertes par d'autres mandats*;
• Phytoplasmes sur toutes matrices ;
• Tous virus exceptés ceux couverts par d’autres mandats*;
• Viroïdes sur toutes matrices.

Offre de prestations (pdf) – unité d'Angers 

Conditions générales de fourniture de prestations (pdf) - unité d'Angers

Recommandations pour analyses (pdf) - unité d'Angers

Fiche de demande d'analyse  - unité d'Angers

Convention de preuve (.docx) - unité d'Angers

*cf arrêté désignant les laboratoires nationaux de référence dans le domaine de la santé publique vétérinaire et phytosanitaire (arrêté du 30.03/2022)

Entomologie et plantes invasives

L’Unité Entomologie et Botanique porte deux mandats de LNR :

Le LNR Insectes, acariens phytoparasites et auxiliaires sur toutes matrices

Ce LNR identifie annuellement plusieurs milliers d’échantillons appartenant à plus de 500 taxons différents. Il s’agit de spécimens interceptés dans les ports et les aéroports, mais aussi lors de contrôles officiels sur le territoire national pour la surveillance des organismes réglementés ou émergents (incluant les vecteurs). Le LNR participe de ce fait à identifier le plus précocement possible toute incursion d’insecte ou acarien et qui n'est pas encore considéré comme un organisme nuisible réglementé ou émergent mais qui serait susceptible de le devenir. Ces identifications sont également nécessaires à la délivrance de certificats phytosanitaires en vue de l’exportation ainsi qu’aux autorités compétentes en charge de la délivrance du passeport phytosanitaire. Basé sur cette expérience, il développe des outils de reconnaissance et d’identification des insectes et acariens par des méthodes morphologiques (fiches de reconnaissance, atlas des arthropodes de quarantaine…). Cette activité lui permet de contribuer grandement à la rédaction de méthodes au niveau européen ou international (OEPP, Convention internationale pour la protection des végétaux (CIPV)). Le LNR est partenaire de programmes de recherche, par exemple sur des vecteurs de maladies végétales ou sur des crises phytosanitaires en cours (Xylella fastidiosa) ou des ravageurs objet de haut niveau de vigilance (Bactrocera dorsalis, Spodoptera frugiperda…).

Le LNR plantes invasives

Ce LNR est investi dans les activités d’épidémiosurveillance et de phytopharmacovigilance sur les plantes invasives émergentes en France ou dans d’autres pays, qui peuvent poser un risque pour la santé des végétaux. Il fournit un appui à la Surveillance biologique du territoire (SBT), pilotée par le ministère en charge de l’agriculture. Par ailleurs, il met au point ou améliore les protocoles de suivi de la flore adventice (ou de la flore des bordures de champs), analyse et interprète les données récoltées, et participe à la valorisation scientifique des résultats. Le LNR développe des connaissances sur la biologie, l’écologie et l’impact de ces plantes invasives émergentes. Ces données permettent d’alimenter les analyses de risque phytosanitaire (ARP), mais également d’obtenir des connaissances sur les facteurs d’invasion.

Offre de prestations et conditions générales de fourniture de prestations (pdf) - Station de Montpellier

Fiche de demande d'analyse (pdf) - unité de Montpellier

Conseils de prélèvement et d'envoi d'échantillon (pdf) - unité de Montpellier

Champignons et oomycètes 

Le LNR champignons et oomycètes développe et valide des méthodes de référence visant à détecter les champignons et les oomycètes identifiés dans le règlement européen sur la santé des végétaux comme étant de quarantaine, ou présentant tout autre menace, et ce directement sur les végétaux qu’ils parasitent. Les nouvelles méthodes qu’il développe ont pour vocation de proposer des performances analytiques élevées et des résultats très rapides.  Le LNR forme et supervise un réseau de laboratoires agréés pour la réalisation de certaines de ces méthodes, en organisant régulièrement des stages et des essais interlaboratoires d’aptitude.

Offre de  prestation (pdf) - unité de Nancy

Conseils de prélèvements et d'envoi des échantillons (pdf) - unité de Nancy

Bordereau de transmission des échantillons - unité de Nancy

Convention de preuve - unité de Nancy

Conditions générales de fournitures de prestations d'analyses - unité de Nancy

Nématodes phytoparasites

Le LNR Nématodes phytoparasites sur toutes matrices exerce des activités d’expertise pour l’aide à la décision publique, l’analyse et l’animation de réseaux de laboratoires agréés pour la détection des nématodes phytoparasites. Il est amené à développer et mettre au point des méthodes d’analyse dans son domaine de compétence. L’activité analytique est orientée vers la détection des nématodes d’importance, officiellement réglementés ou inclus sur des listes de quarantaine, émergents en France ou dans des pays hors de l’Union européenne et posant potentiellement un risque pour les végétaux en France.

Offre de prestations et conditions générales de fourniture de prestations (pdf) - unité de Rennes

Fiche de demande d'analyse  - unité de Rennes

Conseils de prélèvement et d'envoi d'échantillon (pdf) - unité de Rennes

Convention de preuve - unité de Rennes

Plum pox virus, virus des agrumes et virus de la pomme de terre.

Le LNR Plum pox virus, virus des agrumes (hors Citrus tristeza virus délégué à l’unité LSV-RAPT), virus de la pomme de terre gère un réseau actif de laboratoires agréés pour la détection du virus de la Sharka (Plum pox virus) selon la méthode officielle utilisant la technique ELISA.

Pour les autres virus des mandats, le LNR assure lui-même la réalisation des analyses officielles.

Offre de prestation du LSV Unité de Quarantaine (pdf) - unité de Clermont Ferrand

Consignes pour l'envoi d'échantillon végétaux pour analyses de laboratoire pour l'unité de Quarantaine (pdf) - unité de Clermont Ferrand

Pathogènes tropicaux

L’unité Ravageurs et Agents Pathogènes Tropicaux (RAPT) détient deux mandats de laboratoire national de référence : Le LNR Virus sur bananier et plantes tropicales et le LNR Bactéries sur bananier, agrumes et plantes tropicales.

Ces mandats lui permettent d’avoir un rayon d’action sur tout l’Outre-mer français, la zone Océan Indien, dans le cadre de la coopération régionale, ainsi que la France métropolitaine et plus largement l’Union européenne, pour les problématiques communes avec celles des régions tropicales notamment celles affectant les filières agrumes ou riz. Les LNR ont aussi développé des collaborations à l’international (Afrique du Sud, Afrique de l’Est, Australie, etc.).

Catalogue des prestations d'analyses (pdf) - Unité de La Réunion

Fiche de demande d'analyses - Site de La Réunion

Conditions générales de fournitures de prestations (pdf) - Unité de La Réunion

Conseils de prélèvements et d'envoi d'échantillons (pdf) - Unité de La Réunion

Précautions pour l'expédition de colis sous LOA (pdf) - Unité de La Réunion

Convention de preuves - Unité de La Réunion

Les laboratoires de référence de l’Union européenne (LRUE)

LRUE sur les insectes et acariens                 

L’Unité Entomologie et Botanique détient le mandat de LRUE, en consortium avec l’AGES (Österreichische Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit). Comme la France, chaque autre état membre de l’UE a mandaté un LNR en charge des insectes et des acariens. Le LRUE coordonne le réseau de ces 27 LNR. Son rôle est de garantir une identification précise des espèces d'insectes et d'acariens réglementés ou envahissants. Le consortium peut compter sur une large connaissance de l'identification des coléoptères, lépidoptères, diptères, thrips, hémiptères et acariens. Les diagnostics moléculaires (barcoding et autres tests PCR) peuvent compléter ou confirmer les identifications morphologiques, et aident dans certains cas à l’obtention d’une identification plus précise. Le LRUE veille à la bonne utilisation des méthodes de référence, à leur éventuelle validation, diffuse des informations techniques, organise des essais d'aptitude annuels et forme les personnels des LNR. Les espèces plus particulièrement suivies sont les 16 insectes organismes nuisibles (OQ) définis par l’UE comme prioritaires, mais l’action du LRUE peut s’étendre à d’autres OQ listés par la règlementation de l’UE, participant à l’appui permanent que le LRUE fournit à la Commission européenne.  Voir le site du LRUE insectes et acariens

LRUE champignons et oomycètes pathogènes sur plantes   

Le LRUE anime un réseau de 26 laboratoires nationaux de référence, en les informant des avancées en matière de diagnostic, au travers d’ateliers, de formations et de veilles bibliographiques. Il promeut des méthodes d’analyses pour la détection de champignons et des oomycètes de quarantaine d’importance pour l’Union européenne. Enfin, il organise des formations et des essais interlaboratoires, pour s’assurer de leur application correcte dans tous les pays membres. Il met à disposition des laboratoires nationaux de référence de ces pays une collection de souches fongiques de référence. Voir le site du LRUE champignons et oomycètes

LRUE Nématodes      

Le mandat européen sur les nématodes est détenu en consortium avec l’Institut flamand de recherche pour l’agriculture, la pêche et l’alimentation (ILVO, Belgique). Ses activités visent à apporter un appui scientifique et technique à la Commission européenne et aux LNR de chaque État membre de l’Union européenne, pour la mise en œuvre des règlements phytosanitaires européens. Il fournit les connaissances et les outils nécessaires pour assurer la qualité, l’uniformité et la fiabilité de la détection et de l'identification des nématodes phytoparasites réglementés ou émergents. À ce titre le LRUE anime notamment le réseau de LNR européens. Voir le site du LRUE Nématodes